1911年九月绍兴光复,任绍兴师范学校校长。1912年一月一日,临时政府成立于南京,应教育总长蔡元培的招募,任教育部部员。五月,航海到达北京,住宣武门外南边的半截胡同绍兴会馆藤花馆,任教育部社会教育司第一科科长。八月任命为教育部佥事。1917年七月初,因张勋复辟乱作,愤而离职,乱平之后就返回了教育部。1920秋季,兼任北京大学及北京高等师范学校讲师。1923年秋,兼任北京大学,北京师范大学,北京女子高等师范学校及世界语专门学校讲师。1925年八月,因教育总长章士钊非法解散北京女子师范大学,鲁迅与多数教职员有校务维持会的组织,被章士钊违法免职。随后鲁迅向专管行政诉讼的平政院投递诉状,控告章士钊滥用职权。