黄连功效和作用有许多，那有什么副作用呢？中医认为，黄连大苦大寒，过服久服易伤脾胃，脾胃虚寒者应忌用。并且苦燥伤津，阴虚津伤者也应慎用。正如《本草纲目》记载:“黄连大苦大寒，用之降火燥湿，中病即当止，岂可久服，使肃杀之令常行，而伐其生发冲和之气乎？”

现代研究表明黄连有效成分为小檗碱,小檗碱的治疗量相当安全,副作用也很少,最严重的副作用为心脏毒性,在临床可出现急性心源性脑缺氧综合征,100mg于葡萄糖溶液中滴注,病人有出现头昏,气急,心律紊乱,循环呼吸吸骤停等,并有死亡病例报道.过敏反应也较多见,小檗碱针剂（0.1%）2-4ml im,有出现全身搔痒,荨麻疹,体温升高,心慌,关节疼痛,呼吸迪促,烦躁不安,恶心,呕吐,严重的可致血压下降出现过敏性休克.。