1.婴儿肠道屏障功能尚未发育成熟
人的肠道每时每刻都要接触大量细菌、病毒及食物中的各种大分子物质，作为抗原的大分子物质会对人体产生危害。在正常情况下，肠道黏膜屏障可有效阻断有害大分子物质进入机体，但与其他器官、系统一样，肠道黏膜屏障从出生到成人阶段有一个发育成熟过程。研究证实，年龄越小，小肠结构越不成熟、肠黏膜通透性越高，大分子物质越容易被小肠吸收，从而导致过敏。此外，新生儿胃酸分泌少，2岁以前肠道蛋白水解酶的活性未达到成人水平。这些因素都使食物抗原易于通过肠道黏膜，进入人体而导致过敏。
2.婴儿胃肠道局部免疫水平较低
胃肠道产生的免疫球蛋白主要是分泌型免疫球蛋白A(SlgA)，在胃肠道发挥免疫作用。现已证实，SlgA通过与肠腔中的抗原形成复合物而抑制抗原的吸收与转运。新生儿肠道中SlgA含量相对较低，可造成大分子物质转运增加，这也是小婴儿易发生食物过敏的原因。
3.婴儿肠道菌群的改变可能导致食物过敏
婴儿肠道菌群的组成成分处于动态变化过程，随着小儿的生长发育，肠道中双歧杆菌和乳酸杆菌的数量会增加，而大肠杆菌的数量减少。双歧杆菌、乳酸杆菌是益生菌，可通过免疫排斥、免疫清除、免疫调节而发挥抗感染、抗过敏作用。喂养方式等诸多因素可影响婴儿肠道正常菌群的建立和构成，而肠道菌群组成成分及数量的改变，可使婴儿对通常无害的食物蛋白抗原缺乏耐受而发生过敏反应。
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