一、治疗原则
主要是对症治疗，要遵循综合治疗和个体化治疗的原则。
二、一般治疗
建立良好的生活习惯，避免烟、酒及服用非甾体抗炎药，避免个人生活经历中会诱发症状的食物;注意根据患者不同特点进行心理治疗，消除患者对所患疾病的恐惧和疑虑;失眠、焦虑者可于睡前口服适当镇静催眠药。
三、药物治疗
FD尚无特效药，主要是经验性对症治疗。
1、制胃酸分泌药：适用以上腹痛伴有反酸为主要症状者，可选择碱性制酸剂或酸分泌抑制剂，如西咪替丁等H2受体拮抗药或奥美拉唑等质子泵抑制药等。
2、胃肠动力药：适用于以上腹胀、早饱、嗳气为主要症状者。多潘立酮为周围性多巴胺受体阻滞药，常用剂量为10mg，3次/d，饭前15min服;西沙必利为5-羟色胺受体激动剂，用量为5～10mg，3次/d，餐前15～30min服用，疗程2～8周。但西沙必利可致腹鸣、稀便或腹泻、腹痛和心肌QT间期延长等副作用，故现已较少应用，心脏病人更应慎用;甲氧氯普胺(胃复安)为中枢性及周围性多巴胺受体阻滞药，因长期服用锥体外系副作用大，故现已少用或不用。近年来新的促胃肠动力剂，如莫沙必利、依托比利等也可选用，莫沙必利常用剂量为每次5mg，3次/d，于餐前1/2h服用。对疗效不佳者，抑制胃酸分泌药和促胃肠动力药可轮换用或合用。
3、H.pylori治疗：对小部分FD伴有H.pylori感染的患者应加用杀灭H.pylori药物，一般采用二联或三联药物疗法。
4、抑郁药：上述治疗疗效欠佳而伴随明显焦虑、紧张、抑郁等症状者可试用抗抑郁药，但起效较慢。常用药有二环类抗抑郁药，如阿米替林25mg，2～3次/d;具有抗5-羟色胺作用的抗抑郁药，如氟西汀20mg，1次/d等，宜从小剂量开始，注意药物副作用。
5、其他：可用黏膜保护剂，如氢氧化铝凝胶、铋剂、硫糖铝、麦滋林-S等。
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