虽然至今仍不能完全明确口腔溃疡的确切病因，但专家认为口腔溃疡的发生是多种因素综合作用的结果。免疫、遗传和环境可能是口腔溃疡发病的“三联因素”，即遗传背景与适当的环境因素(包括精神神经体质、心理行为状态、生活工作和社会环境等)可引发异常的免疫反应而出现口腔溃疡特征性病损。也有人提出“二联因素”论，即外源性因素(病毒和细菌)和内源性诱导因素(激素的变化、精神心理因素、营养缺乏、系统性疾病及免疫功能紊乱)相互作用而致病。
大多数医生认为，口腔溃疡与以下因素有关：
1、消化系统疾病及功能紊乱
患系统性疾病的患者易发生口腔溃疡，主要是通过影响免疫系统而致病。口腔溃疡与胃溃疡、十二指肠溃疡、溃疡性结肠炎、局限性肠炎、肝炎等有关。研究表明：30%-48%的口腔溃疡患者有消化道疾病，如腹胀、腹泻或便秘等情况。其中9%以上有消化道溃疡。
2、内分泌变化
有些女性患者往往在月经期发生，可能与体内雌激素量下降有关。有些女性每逢经期或行经前后就会出现口腔溃疡，用药治疗只能暂时缓解，下月行经时依然如故地出现，疼痛难忍，与此同时，还常伴有口干、心烦、易怒和大便干结等令人烦恼的症状。临床研究发现，月经期出现口腔溃疡主要是由于体内黄体酮水平增高而雌激素(孕酮等)的水平降低所致。
3、精神因素
有的患者在精神紧张、情绪波动、睡眠状况不佳的情况下发病，可能与植物神经功能失调有关。
4、遗传因素
如父母双方均患有复发性口腔溃疡时，其子女约有80—90%患病，若双亲之一患此病时，其子女约有50—60%患病。
5、其他因素
如缺乏微量元素锌、铁、叶酸、维生素B12、营养不良等，可降低免疫功能，增加复发性口腔溃疡发病的可能性。病毒可能是口腔溃疡的始动因子，但目前尚未在患者血清中查出相关抗体，亦未见从口腔溃疡病损组织中分离出病毒的报道。细菌对口腔溃疡的作用已提出了多年，与口腔溃疡关系密切的细菌有血链球菌及幽门螺杆菌[14]。体内超氧自由基的生成和清除率不平衡、血栓素B2 和6酮前列腺素比例失调及总体水平下降可引发口腔溃疡。微循环障碍致血流速度慢，血液流量低，毛细血管静脉端管径扩张，造成局部缺血、缺氧从而引起黏膜膜损伤，溃疡形成。血清中缺锌、缺铁、高铜等与RAU的发生有一定相关性。有报道称戒烟亦可诱发口腔溃疡。牙膏中的成分12-烷硫酸钠(SLS)可能刺激黏膜，诱发口腔溃疡。
6、中医病因机制
祖国医学界早已对口腔溃疡有记载。按照中医的理论体系，口腔溃疡有以下几种病因：一是外感六淫，主要是燥、火两邪，燥邪干涩，易伤津液，火为阳邪，其性炎上，津伤火灼，口疮乃发。故口疮多在秋季及气候突变时容易复发。二是饮食不节，由于过食辛辣肥厚之品或偏食，致火热内生，循经上攻，熏蒸口舌，并常耗伤心肺肾之阴津，致口疮发生。三是情志过极，患者素日思虑过度，心烦不寐，五志郁而化火，心火亢盛，上炎熏灼口舌，或心火下移于小肠，循经上攻于口，均可致口舌生疮;或平素多有郁怒，肝郁气滞，肝气不疏，郁而化火，暗耗阴血，致冲任经脉不调，经行之时，经气郁遏更甚，肝火旺盛，上灼口舌而致口疮。四是素体阴亏，患者素体阴液不足，或久病阴损，虚火内生，灼伤口舌，乃至口舌生疮。五是劳倦内伤，或久病伤脾，脾气虚损，水湿不运，上渍口舌，而致口疮;或郁久化热，湿热上蒸，亦可致口疮。更有甚者，脾气虚极，伤及脾阳，脾阳不足，寒湿生热，上渍于口，可发口疮。六是先天察赋不足，或久用寒凉，伤及脾肾，脾肾阳虚，阴寒内盛，寒湿上渍口舌，寒凝血淤，久致口舌生疮。总之外感六淫燥火，内伤脏腑热盛是致病主因，主病之脏在于心和脾(胃)。
口腔粘膜溃疡和糜烂虽然都是口腔粘膜疾病中常见的症状，但是完全不同的两回事，首先在临床表现上糜烂与浅表溃疡是有区别的。口腔溃疡可由全身或局部因素引起，各种溃疡虽有上皮内或上皮下，浅层或深层，急性或慢性，良性与恶性之分，但都有凹陷性;外形规则，呈圆或椭圆形;边界分明，与周围正常粘膜“经纬分明”。而口腔糜烂，临床表现为与正常粘膜表面齐平的充血和糜烂，并无凹陷，上覆渗出性假膜，形状多样，并不规则，与周围正常粘膜间界限不清。其次，两者的病程和愈后不一样。溃疡一般病程较短，一旦愈合，就“干脆利落”，浅在的和良性的溃疡愈合后都无瘢痕，但深及肌层的溃疡和恶性口腔溃疡例外。糜烂一般病程较长，反复迁延，而且愈合过程“拖泥带水”，但糜烂一般不留瘢痕。最后两者在显微镜下的表现不一样。溃疡表现为上皮连续性有中断，糜烂比较浅表而无上皮连续性的中断。当溃疡和糜烂不太典型时，鉴别就会有难度，但只要细心观察，一般来说还是可以区别的。值得提出的是，这两种病损是可以相互转化或两者同时存在。
如何鉴别良性溃疡和恶性溃疡
人的一生中，发生口腔溃疡的概率几乎为100%。口腔溃疡又确确实实有癌变的可能。因此，鉴别溃疡的良、恶性实在是人人关心的问题。就是否会恶变而言，良性口腔溃疡是指不会变癌的口腔溃疡，恶性口腔溃疡则相反。那么如何来区分良性口腔溃疡和恶性口腔溃疡呢？
根据溃疡愈合的时间进行判断：良性口腔溃疡一般仅需数天至数周就可以愈合。恶性口腔溃疡则呈进行性发展，数月甚至一年多都不愈合。
根据溃疡面的形态进行判断：良性口腔溃疡一般形态比较规则，呈圆形、椭圆形或线条形，边缘整齐，与周围组织分界清楚，溃疡面的基底部较平滑，触之柔软，疼痛明显。恶性口腔溃疡形态多不规则，其边缘隆起呈凹凸不平状，与周围组织分界不清，溃疡面的基底部不平整，呈颗粒状，触之硬韧，和正常黏膜有明显的区别，疼痛不明显。
根据病程规律进行判断：良性口腔溃疡经常反复发生。恶性口腔溃疡常不会复发，而一旦发病就迟迟不愈合。
根据患者对药物的敏感程度进行判断：良性口腔溃疡患者一般在应用消炎防腐类药物进行治疗后效果明显，愈合较快。恶性口腔溃疡患者若应用此类药物进行治疗，疗效常不明显。
根据患者的全身情况进行判断：良性口腔溃疡患者较少出现全身症状，颈部淋巴结不肿大，或虽肿大但不硬、不粘连。恶性口腔溃疡患者则相反，可出现发热、颈部淋巴结肿大、食欲不振、消瘦、贫血、乏力等表现。
1、局部物理治疗：包括激光、低频超声、化学腐蚀(如：硝酸银)、物理屏障(如：氰基丙烯酸盐粘合剂)。
2、局部抗菌药物：氯己定含漱液、金霉素药膏。
3、局部皮质类固醇：氢化可的松或氟轻氢化泼尼松龙(triamcinolone)药膜、倍氯米松含漱液或喷雾剂等。
4、局部止痛剂：苄达明(benzydamine)含漱液或喷雾剂、局部麻醉凝胶。
5、其他局部抗炎制剂：色甘酸钠(sodium cromoglycate)止咳糖浆、前列腺素E2胶、局部粒细胞一巨噬细胞刺激因子、阿司匹林含漱液、双氯酚酸(diclofenac)、胃溃宁(sucraifate)。
6、全身用药：泼尼松龙(prednisolone)、咪哇硫嘌呤(azathioprine)、左旋咪唑(levamisole)、秋水仙素(colchicine)、贝通(pentoxifylline)、氨苯砜(dapsone)、甲氰咪胍(cimetidine)、转移因子等。
关于“全身治疗”：反复发作或溃疡症状严重者应全身用药。可使用皮质类固醇泼尼松龙，或与咪唑硫嘌呤一同用药，但要注意其副作用。亦可用抗肿瘤坏死因子α的药物：贝通，0.4g，3次/d，副作用有胃肠不适。秋水仙素能减缓疼痛，缩短发作频率。其机制可能是可降低嗜中性细胞的趋化功能。副作用有胃肠道不适、腹泻，长期使用可引起男性不育。有报道称左旋咪唑与中药合用可减少溃疡数目，减少复发，延长间隙期。
关于“中医药治疗”：用于阴虚火旺、虚火上炎所致的口疮灼热以及复发性口腔溃疡见以上症状者，有滋阴降火的作用。毒副作用较小。重症患者第一次加倍服用，通常服用时口含几分钟吞下，疗效更好。辨证施治可根据四诊八纲进行。脾胃伏火型宜清热泻火、凉血通便，方用凉隔散、清胃散、玉女煎等。心火上炎型宜清心降火、凉血利尿，方用导赤散、泻心汤、小蓟子饮等加减。肝郁蕴热型宜清肝泻火、理气凉血，方用龙胆泻肝汤、小柴胡汤等。阴虚火旺型宜滋阴清热，方用六味地黄汤、杞菊地黄汤、甘露饮等。脾虚湿困型宜健脾化湿，方用健脾胜湿汤、五荃散、平胃散等。气血两虚型宜气血双补，方用补中益气汤、参苓白术散等。
口腔溃疡在很大程度上与个人身体体质有关，因此要想完全避免其发生可能性不大，但如果尽量避免诱发因素，仍可降低发生率。口腔溃疡平常应注意保持口腔清洁，常用淡盐水漱口，经常湿润口腔，避免口腔干燥。妇女经期前后要注意休息，保持心情愉快，避免过度疲劳，多饮水。另外还需注重日常饮食调理，以减少口疮发生的机会。
1、多食含锌食物，以促进创面愈合，比如牡蛎、动物肝脏、瘦肉、蛋类、花生、核桃等。
2、多吃富含维生素B1、维生素B2、维生素C的食物，有利于溃疡愈合。故应多吃新鲜蔬菜和水果，如番茄、茄子、胡萝卜、白萝卜、白菜、菠菜等。
3、忌食辛辣、香燥、温热、动火食物，如葱、姜、韭、蒜、辣椒、胡椒、牛羊、狗肉。