病因迄今尚未完全清楚。近来多认为与新生儿胆红素代谢的肠肝循环增加有关。
一般认为由于母乳中含有较多脂肪酶及β葡萄糖醛酰苷酶。前者使乳中未饱和脂肪酸增多，从而抑制肝脏葡萄糖醛酸转移酶活性；后者能分解胆红素葡萄糖醛酸酯的酯键，使结合胆红素又转化为非结合胆红素而易在小肠被重吸收，从而增加了肠--肝循环，结果血中非结合胆红素增加而出现黄疸。
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