一、病史
需询问引起肛门失禁的原因，初起时症状，目前失禁的严重程度，肛直肠部有无手术史、放射史、受伤史。大便习惯，排便次数及粪便质地，有无神经系统、代谢方面的疾病及泌尿系统的疾病等病史。
二、视诊
完全性失禁，视诊常见肛门张开呈圆形，或有畸形、缺损、瘢痕，肛门部排出粪便、肠液，肛门部皮肤可有湿疹样改变。用手牵开臀部，肛管完全松弛呈圆形，有时肛管部分缺损瘢痕形成从圆孔处常可看到直肠腔。
不完全失禁肛门闭合不紧，腹泻时也可在肛门部有粪便污染。
三、直肠指诊
肛门松弛，收缩肛管时括约肌及肛管直肠环收缩不明显和完全消失，如为损伤引起，则肛门部可扪及瘢痕组织，不完全失禁时指诊可扪及括约肌收缩力减弱。
四、内镜检查
直肠镜检查可观察肛管部有无畸形，肛管皮肤粘膜状态，肛门闭合情况。纤维肠镜检查可观察有无结肠炎、克隆病、息肉、癌肿等疾病。可用硬管结肠镜观察有无完全性直肠脱垂。
五、排粪造影检查
可测定肛管括约肌、肛管、直肠部形态解剖结构，动力学功能状态的X线钡剂检查可观察有无失禁及其严重程度，不随意漏出大量钡剂是失禁的标志。