发病原因尚不十分明了，可能与性欲刺激、睾丸附睾的慢性感染或输送精子的管道部分梗阻有关。但临床实践证明，输精管结扎后患者并不出现清液囊肿，可见梗阻学说不能成立。它的出现还可能与局部损伤或性传播疾病感染有关。还有的人提出附睾头部的附睾管屈曲、转向或形成憩室，随着时间的推移和精子的不断堆积，憩室小管不断增大，于是形成精液囊肿。当附睾因炎症或创伤而阻塞或形成瘢痕时，也能发生精液囊肿。