轻度的心室中膈缺损，有些病例会在子宫内自动愈合，有些则在出生后一段时间(通常为2年内)自动愈合，而不需任何药物或手术治疗。若是重度心脏畸形，为了宝宝的幸福和优生优育的原则，妊娠24周内，可流产。如果一定要生下这个宝宝的话，应该事先安排好小儿心脏科或心脏外科医生。大部分先天性心脏病都能通过手术治疗。
先天性心脏病手术预后：
取决于血管畸形的种类，例如小的房间隔缺损，预后比其他先天性心脏病要好，平均寿命35岁左右，而某些复杂的心血管畸形，生后不久即于襁褓时死亡。此外合并各种感染如细菌性心内膜炎，肺炎合并心力衰竭也是促成死亡的重要原因，随着医学的不断发展，先天性心脏病手术的成功率提高，只要早期诊断，早期择期手术，此病的预后并不十分悲观。