可根据肠痉挛的评分结果决定治疗。评分参照哭吵的强度和持续时间、哭吵的伴随症状、父母对孩子哭吵的看法、如果哭吵与肠痉挛有关。但哭吵不剧用第一、第二级治疗方案;如果是严重肠痉挛者，采用第三级治疗。
1、第一级治疗 给孩子以抚慰，摇动孩子，减低环境噪音，用热水袋捂婴儿腹部;对家长给予支持和关心;可服用中药或二甲基硅油。一些中药具有解痉作用，服用中药(洋甘菊、马鞭草、甘草、茴香、香峰草及薄荷组成的粉末)7天后，肠痉挛改善，但夜醒次数未见减少。二甲基硅油是种非吸收性药物，通过改变气泡表面张力，使气泡融合或弥散，促进气体排出，对人体无副作用。试图用它来减少肠道气体。但有关它的研究结果并不一致。用二甲基硅油与安慰剂做自身交叉对照研究。1/4-2/3患儿症状有改善，但与安慰剂相比，无明显差异。其他减少肠道气体的药物如活性碳、α-半乳糖苷酶能吸附气体或帮助消化高纤维素食物，减少发酵产气，但目前对肠痉挛的疗效尚不肯定。
2、第二级治疗 即药物治疗。可用解痉药(如西托溴铵)能阻断平滑肌的毒蕈碱型受体，还可直接作用于平滑肌，解除平滑肌痉挛。无效者可用盐酸双环胺，它作为种抗胆碱能药物，具有阿托品样的解痉作用，并有定的中枢安定作用，在治疗婴儿肠痉挛方面有一定的疗效。但近来有研究发现，6个月以下的婴儿用此药可发生呼吸暂停，使此药的应用受到限制。至今尚无一种完全有效的药物来治疗肠痉挛。
3、第三级治疗 改变饮食和/或药物治疗。母乳喂养的母亲不食用牛奶、奶制品、鱼和蛋;人工喂养儿给予豆奶或水解酪蛋白的奶方，能明显改善婴儿肠痉挛。对于CMPI引起的肠痉挛者，去除牛奶蛋白，改用豆奶或水解蛋白后，71%-88%的患儿症状有改善。由于药物治疗(如盐酸双环胺)有定的副作用，而且有时疗效不理想，饮食改变可能比用药更适宜。