本病的潜伏期一般在1个月左右。按其病程和主要临床表现可分为急性期、慢性期和晚期三期。
一、急性血吸虫病：大多见于初次大量感染者，以夏秋季为多，起病较急，以发热等全身症状为主。
1、发热：患者均有发热，在38℃～40℃之间，热型以间歇热、弛张热为多见，其次为不规则热。热度下午或晚上较高，可达40℃，伴畏寒，清晨汗出热退，发热可持续数日至3 ～4个月不等。重者常有神志淡漠，听力减退，甚至谵妄、昏迷。较久者常有消瘦、贫血及营养不良性水肿等。
2、过敏反应：以荨麻疹为常见，多见于发热期，广泛分布或仅局限于四肢，时发时愈，持续数日或2周。可伴有血管神经性水肿、淋巴结肿大与压痛等。血中嗜酸性粒细胞显著增多。
3、腹部症状：半数以上患者有腹痛、腹泻，多见于中等度热及高热者。腹泻每日2～5次，粪便稀薄，可带血和粘液，部分患者可仅有便秘。腹痛和压痛可局限，也可广泛。重度感染者由于虫卵在结肠浆膜层和肠系膜内大量沉积，可引起腹膜刺激征、腹部饱满有柔韧感和压痛，类似结核性腹膜炎。
4、肝脾肿大：肝肿大，压痛，以左叶明显。半数以上有轻度脾肿大。
二、慢性血吸虫病：流行区居民自幼与河水接触，小量反复感染，大多数表现为慢性血吸虫病。但也有部分急性患者，未经治疗或治疗不彻底迁延而成慢性血吸虫病。无症状者仅在普查时发现，有症状者以腹痛、腹泻、消瘦、贫血、乏力、劳动力减退等为常见。大便每日多次，带血性粘液，伴里急后重，类似慢性菌痢。肝肿大以左叶较明显，肝表面光滑，质稍硬。脾也逐渐增大，一般肋下2～3cm。
三、晚期血吸虫病：临床上主要按其体征等将晚期血吸虫病分为巨脾型、腹水型、结肠增殖型、侏儒型，同一患者可兼有两种或两种以上的类型。
1、巨脾型：患者常主诉左上腹有逐渐增大的块物，伴重坠感，95% 以上患者肝脾均肿大，但以脾肿大尤为显著，可达脐或脐下，并越过中线，甚者可达盆腔。脾质坚硬，表面光滑，内缘有明显切迹。本型患者肝功能可处在代偿期，一般情况尚佳，食欲良好，多数患者尚保存部分劳动力。
2、腹水型：患者诉腹胀，腹部膨隆似青蛙腹，四肢细小。腹水可反复消长或逐渐加剧，病程长者可达10～20年，某些患者的腹水较明显或伴有下肢水肿。
3、结肠增殖型：患者除晚期血吸虫病表现外，肠道症状较突出，如原因不明的腹痛、腹泻、便秘、大便变细或不成形及不全性肠梗阻与左下腹痞块等。
4、侏儒型：儿童期反复感染血吸虫后，可严重影响生长发育，除血吸虫病表现外，患者身材呈比例性矮小，面容苍老，发育障碍，性器官不发育，第二性征缺如，但智力无减退。
此外，血吸虫病引起的异位损害以肺和脑多见，肺血吸虫病多见于急性血吸虫病，病情轻者仅有咳嗽，病情重者可有气急、哮喘、胸闷及咳血痰等。脑血吸虫病多见于病程早期，以青壮年为多见，急性型似急性脑膜炎，慢性型表现为局限性癫痫或瘫痪。