1、粪便常规检查：大便显微镜检查，注意有无脓细胞、白细胞、红细胞与吞噬细胞，还应注意有无虫卵、寄生虫、真菌孢子和菌丝。有时需反复几次才有意义，有助于腹泻病的病因和病原学诊断。
2、大便培养：对确定引起腹泻的病原体有重要意义。1次粪便培养阳性率较低，需多做几次，新鲜标本立即培养可提高阳性检出率。
3、大便乳胶凝集试验：对某些病毒性肠炎有诊断价值，如轮状病毒、肠道腺病毒等。有较好敏感性和特异性，对空肠弯曲菌肠炎的诊断有帮助。
4、酶联免疫吸附试验：对轮状病毒有高度敏感性、特异性。有助于轮状病毒肠炎和其他病毒性肠炎诊断。
5、聚丙烯酰凝胶(PAGE)电泳试验：此法可检测出轮状病毒亚群及不同电泳型，有助于轮状病毒分类和研究。
6、粪便还原糖检查：双糖消化吸收不良时，粪便还原糖呈阳性，pH值<6.0。还原糖检查可用改良班氏试剂或Clinitest试纸比色。继发性双糖酶缺乏远较原发性多见，原发性者以蔗糖-异麦芽糖酶缺乏最常见。
7、粪便电镜检查：对某些病毒性肠炎有诊断价值。如轮状病毒性肠炎、诺沃克病毒性肠炎等。
8、血白细胞计数和分类：病毒性肠炎白细胞总数一般不增高。细菌性肠炎白细胞总数可增高或不增高，半数以上的患儿有杆状核增高，杆状核大于10%，有助于细菌感染的诊断。
9、血培养：对细菌性痢疾、大肠埃希杆菌和沙门菌等细菌性肠炎有诊断意义，血液细菌培养阳性者有助于诊断。
10、血生化检查：对腹泻较重的患儿，应及时检查血pH、二氧化碳结合力、碳酸氢根、血钠、血钾、血氯、血渗透压，对于诊断及治疗均有重要意义。
11、其他：对迁延性和慢性腹泻者，必要时作乳糖、蔗糖或葡萄糖耐量试验，呼气氢试验(一种定量非侵入性测定碳水化合物吸收不良的方法，有条件可以应用)，也可作纤维结肠镜检查;低钾血症者应做心电图检查;病程迁延者，营养障碍者及感染中毒症状重者，应做X线、B超检查。