肺部隐球菌感染的初期，多数病人可无症状。少数病人出现低热、轻咳，咳黏液痰，偶有胸膜炎症状。在艾滋病人中隐球菌感染经常是广泛播散的。在免疫功能重度受损的病人中可以发生急性呼吸窘迫综合征(ARDS)。X线表现为多形性，轻者仅表现为双肺下部纹理增加或孤立的结节状阴影，偶有空洞形成。急性间质性炎症可表现为弥漫性浸润或粟粒样病灶。需与肺结核、原发或转移性肺癌鉴别。John.R.Perfect的经验是隐球菌感染时，X线表现可以是在任何一个肺叶，任何类型的浸润、结节或渗出都可以发生。近年来在同时有艾滋病毒(HIV)感染的病人中更常见的表现有酷似卡氏肺囊虫感染的间质浸润。由于肺部隐球菌感染可以与肺部其他疾病过程重复出现，所以X线更无典型特征。
1、隐球菌脑膜炎
是真菌性脑膜炎中最常见的类型。起病缓慢，不同程度发热、阵发性头痛并逐渐加重、恶心、呕吐、晕眩。数周或数月后可出现颅内压增高症状及颅神经受累的表现，常伴有眼底渗出和视网膜渗出性改变。有时出现精神症状：抑郁、淡漠、易激动。晚期可出现偏瘫、共济失调、抽搐、昏迷等。临床表现颇似结核性膜，但有间歇性自然缓解，如隐球菌肉芽肿局限于耨某一部位，临床表现与脑脓肿或脑肿瘤相似。
2、肺隐球菌病
常与中枢神经系统感染共存，亦可单独发生。起病缓慢，常无明显症状而被忽略。如出现症状、则与肺结核不易区分，如低热、乏力、轻咳、盗汗、体重减轻等，多趋自愈。少数患儿呈急性肺炎的表现，如病灶延及胸膜，可有胸同和胸膜渗出。X线片可显示单侧或双侧块状病变，亦能合乎为广泛性浸润、支气管周围浸润或粟粒状病变，但不侵犯肺门和纵隔淋巴结，肺部感染一般预后良好。3、皮肤黏膜隐球菌病皮肤黏膜隐球菌病很少单独发生，常为全身性隐球菌病的局部表现。可能由脑膜、肺部或其他病灶播散所致。皮肤隐球菌病主要表现为痤疮样皮疹、丘疹、硬结、肉芽肿等。中央可见坏，形成溃疡、瘘管等，粘膜损害见于口腔、鼻咽部、表现为结节，溃疡和肉芽肿样，表现覆盖粘性渗出性薄膜。