为查找病原菌，应根据实际情况从多方面采集标本：如排泄物、呕吐物、粪便剩余食物、用具等。
临床上引起食物中毒的细菌很多，如沙门氏菌、空肠弯曲菌、葡萄球菌副溶血性弧菌、蜡样芽胞杆菌、致病性大肠杆菌变形杆菌、肉毒梭菌、小肠结肠炎耶尔森菌等。
沙门菌是引起食物中毒的主要病原菌之一，亦是最常见的食物中毒的原因，一般从病人的粪便或呕吐物中分离出沙门菌。
金黄色葡萄球菌引起的食物中毒：主要通过对食物或粪便中的肠毒素检测来进行诊断，因为被污染的食物经加热后葡萄球菌已被杀死若培养则出现阴性结果，而肠毒素在加热的情况下并不被破坏。
副溶血性弧菌引起的食物中毒：主要是摄入被副溶血性弧菌污染的水产品和腌菜所致该菌引起的食物中毒主要靠细菌学检测确诊。
空肠弯曲菌引起的食物中毒是由于食入弯曲菌污染的肉类或牛奶所致。该病的确诊主要依据细菌学检测。
小肠结肠炎耶尔森菌引起的食物中毒：采集食物或粪便的标本进行细菌培养。
肉毒梭菌引起的食物中毒：主要是由肉毒梭菌产生的外毒素所引起，通常应在现场采集可疑食物做细菌学检测或动物试验。
婴儿的肉毒梭菌中毒则主要是通过粪便内毒素的检测来确诊，粪便培养结果多为阴性。