先天无脑畸形症的原因是科学家和医生团队一直在解决的难题，目前，我们知道的病因是胚胎神经管闭合不全，现已知与下列因素有关：
1、绒毛膜促性腺激素不足，因女胎需要此激素比男胎多，故发生无脑儿女胎比男胎多；
2、有人认为，维生素B12或叶酸缺乏可影响胚胎神经管闭合；
3、妊娠剧吐或孕妇有糖尿病造成酮血症酸中毒时；
4、孕妇高热38.5℃以上，持续超过1周；
5、用药不当，如孕早期服用雌激素类避孕药；
6、也可以是遗传病，生过1胎无脑儿，再次分娩无脑儿的机率为5%~10%。而文献上有连生六个无脑儿的纪录。
