疫苗的安全性和高昂的价格，可能也是HPV疫苗在中国上市的阻碍因素。HPV疫苗的接种会造成一些不良反应，诸如局部的红肿疼痛以及发烧、头晕、恶心等全身症状。
HPV疫苗高昂的价格并不是普通人可以承担的。目前香港HPV疫苗的单次接种就要花费1000元人民币左右，全程接种需要3000元。能负担起现在这个疫苗价格的人，往往不是最需要这个疫苗的人。而相对而言那些从来不做宫颈切片检查的，或者来自卫生条件较差地区的人才真正需要接种这些疫苗。因此，有人认为即使该疫苗上市，可能也不能对我国的宫颈癌发病起到非常有效的控制作用。
