根据临床特征，手足口病在大规模流行时，诊断不困难。但散在发生时，须与口蹄疫、疱疹性咽颊炎、风疹等鉴别：

　　(1)口蹄疫由口蹄疫病毒引起，目前有7个血清型、65个亚型。主要侵犯猪、牛、马等家畜。对人虽然可致病，但不敏感。一般发生于畜牧区，成人牧民多见，四季均有。口腔粘膜疹易融合成较大溃疡，手背及指、趾间有疹子，有痒痛感。

　　(2)疱疹性口炎四季均可发病，以散在为主。一般无皮疹，偶尔在下腹部可出现疱疹。

　　(3)疱疹性咽颊炎，可由CoxA组病毒引起，病变在口腔后部；如扁桃体、软腭、悬雍垂，很少累及颊粘膜、舌、龈。不典型、散在性HFMD很难与出疹发热性疾病鉴别，须做病原学及血清检查。

　　医生通常能根据病人的年龄、病人或家长的诉说的症状，及检查皮疹和溃疡来鉴别手足口病和其他原因所致的口腔溃疡。可将咽拭子或粪便标本送至实验室检测病毒，但病毒检测需要2－4周才能出结果，因此医生通常不提出做此项检查。依据:流行病学资料、临床表现、实验室检查、确诊时须有病原学的检查依据。

　　手足口病可以并发哪些疾病？

　　通常不严重，几乎所有病人不需治疗便可康复。手足口病通常在7-10天内痊愈，并发症不常见。极少病人可并发无菌性或病毒性脑膜炎，其症状是发热、头痛、颈直或背痛，其他常见的并发症有：心肌炎 脑炎或脑膜炎、肺炎、肺水肿、脊髓灰质炎样肢体瘫痪、过敏性紫癜等，多发生于发病后2～5 天。如不及时治疗，可能致命。死亡率极低，仅十万分之一或几万分之一。