一般认为，如果HIV阳性的母亲在怀孕28周时就开始使用抗艾滋病病毒的药物，在新生儿出生后，母亲和孩子继续用药，是最为有效的干预方式。因为母婴感染最易发生在分娩期间，越接近分娩，危险性越激增，而最危险的时刻就是在分娩时。简言之，如果能用抗艾滋病病毒的药物降低母亲体内的病毒，孩子的感染几率就会降低。

　　事实上，在母婴阻断具体实施过程中难题不断。

　　必须直面的困境是，许多孕妇在尚未获知自己被感染了HIV的情况下，就生下了孩子。“在医学干预手段很成功时，我们碰到许多运作上的困难，首先，怎么才能找到这些HIV阳性的怀孕母亲?在云南，很多是高山地带，这些HIV阳性的孕妇母亲居住分散，当地根本就没有所谓的婚前检测，更别提艾滋病检测了，有许多母亲不去医院生小孩，就在家里分娩”，清华大学艾滋病综合研究中心常务副主任、北京协和医学院艾滋病研究中心主任张林琦在接受《新民周刊》记者采访时坦言，“你根本就找不到你的靶子!找不到靶子，怎么干预?!”这位国家973计划艾滋病研究项目首席科学家神情激动。

　　2004年年底，在云南省首次进行的艾滋病母婴阻断项目中，23位HIV阳性的孕妇参加，有22位孕妇获得阻断成功，生下了22个健康宝宝。那4年，全程进入云南母婴阻断项目的只有这23人。并且，这些HIV阳性的孕妇得如同惊弓之鸟，行踪隐秘，不愿被外界知晓。

　　其次，即便找寻到这些愿意做艾滋病检测的孕妇，等待检测确认结果的过程依然漫长，在云南，专门的艾滋病确认实验室分片存在，并非每个地州的CDC都有能力与资质做艾滋病确认检测。

　　这个项目的实施过程中，何大一、张林琦等科学家数次赶赴云南。在张林琦看来，HIV阳性的孕妇即便到了分娩之前，如若及时进行药物干预，依然能将艾滋病母婴传播几率从30%降低至15%左右，因为最为关键的是降低母亲体内的艾滋病病毒量，故而，早发现、早治疗会带来优质的阻断效果，“阻断艾滋病病毒就跟下山一样，是个慢慢下降的过程，通过服药，至少需要两周时间缓冲，才能让HIV阳性的孕妇体内的艾滋病病毒从很高水平抑制到很低水平”。

　　“但是，从找到这些怀孕的母亲到采血、等艾滋病检测结果出来，完成全部过程可能需要半年到一年，有时光等待检测结果就要一两个月。可很多时候，我们‘抓’到的大多数的怀孕母亲已经快要分娩了，这种情况下，根本没有进行医学干预的可能性，这使得我们现在很有效的医疗手段无的放矢”，类似的运作障碍让张林琦深感遗憾。